X檔案關閉后，穆德（David Duchovny 大衛?杜楚尼 飾）和斯科莉（Gillian Anderson 吉蓮?安德森 飾）被分開。穆德受命執行監聽工作，斯科莉則回到學院讀書。　　某日國會議員麥特森（Raymond J. Barry 飾）向穆德透露一條消息，稱在波多黎各接收到外星人的電訊。為了在特種部隊之前找到外星人的證據，穆德只身前往。得知消息的斯科莉趕到穆德住處，從電腦中的旅客名單中找到線索，尾隨來到波多黎各?！　≡诓ǘ嗬韪靼⒗紫２?，穆德偶遇一個當地人，并從他手里得到一幅外星人的畫。但不久后此人便離奇死去。穆德最終能否找到外星人來訪的證據？